Существует более полная версия слогана - Свободные программы, Свободные решения, Свободные мысли!
Значение у них одно и тоже, и заключается оно в том, что выбирая свободную программу, Вы выбираете Свободное решение, и соответственно мыслите свободно, не боясь, что где то у Вас не все легально.