BioImageXD - Анализ многоканальных изображений c микроскопа

Свободный программный пакет для анализа, обработки и визуализации многомерных изображений с микроскопа.

Основные особенности

BioImageXD является многоцелевым инструментом пост-обработки для биоимиджинга. Программное обеспечение может использоваться для простой визуализации многоканальных временных стеков изображения к сложному 3D предоставлению многократных каналов одновременно. Анимация из 3D визуализации может быть легко создана при помощи виртуальной камеры летающего пути или ключевых кадров.

Общая информация

• Свободный и общедоступный
• Все функциональные возможности обеспечивают поддержку 3D временного ряда данных (4D)
• Пакетная обработка данных без программирования
• На экране описание особенностей и цветное кодирование помогают в использовании
• VTK и ITK
• Создание видео любой сцены, представленной в 3D режиме

Поддержка типов файла

• Carl Zeiss LSM
• Olympus OIF
• Leica TXT & LIF
• BioRad PIC
• MRC
• Interfile
• TIFF, PNG, JPEG, BMP (чтение и запись)
• OME-TIFF (чтение и запись)
• VTK XML (запись)    
• Внутренние форматы BioImageXD (чтение и запись)

Способы просмотра изображения

• Части
• Галерея
• Ортогональные секции
• Максимальная и средняя проекция интенсивности
• 3D-рендеринг (интерактивное и полное качество, несколько модулей могут отображаться одновременно)

Количественный анализ

• Анализ колокализации (воксел и объект)
• 3D методы сегментации
• Разделение объекта
• Анализ объекта
• Отслеживание движения
• Анализ интернализации
• Анализ региона интереса (ROI)
• Флуоресценции восстановления после фотообесцвечивающего анализа (FRAP)

Обработка изображения

• Регулировка цвета, яркость, контраста и гаммы
• Слияние каналов передачи данных в цветные
• Фильтрация шума
• Морфологические, логические и арифметические операции
• Преобразования Фурье
• Методы выявления признаков
• Регистрационные методы
• Деконволюция
• Исправление отбеливателя флюоресценции

Другое

• Изменение размеров изображения и передискретизация
• Имитация формирования данных для валидации метода
• И многое другое...