22
май
Многофункциональный инструмент для молекулярного моделирования, биоинформатики, квантовой химии.
Avogadro позволяет без труда построить или отредактировать структуру молекулы, открывать множество форматов файлов, обеспечивает хорошее качества рендеринга белковых структур и молекул, может выполнять функции графической оболочки для большого количества квантовохимических пакетов, самостоятельно проводить полуэмпирические расчеты с визуализацией.
Возможности программы можно без труда расширять при помощи плагинов, основанных на C++/Qt или Python. Avogadro поддерживает Windows, Linux и Mac OS X.
Hello-World
31 января 2020 г. 23:03
А для чего вообще сие "крутое" ПО? Для построения метанов и пропанов? Предложение следующее. Удаление и добавление одиночных атомов, это хорошо, но лепить белок или нуклеиновую кислоту по одному атому - запаришься. Было бы неплохо снабдить программу модулями - готовыми молекулами аминокислот, нуклеотидов и т.п. - которые бы облегчили сборку макромолекул. И главное возможностью изменять, задавать угол поворота вдоль одинарных связей. Допустим, выделил одинарные связи в биополимере и задал поворот на 90 градусов по-часовой - конформация всей молекулы изменилась. Потом уже можно считать насколько это энергетически выгодная конформация. Вот это будет конструктор! Бомба!
Елизавета
12 декабря 2019 г. 19:35
Оскорблять Вы мастер. Как еще оскорбите? CHARMM платное ПО с условно-бесплатной версией. Avogadro свободна и разрабатывается на чистом энтузиазме. Кроме упомянутых есть и другие программы, к примеру, https://континентсвободы.рф/link/6191/.
Андрей
12 декабря 2019 г. 1:45
Елизавета! Вы где учили русский язык?! Или это у вас гугл-перевод с китайского?! Ну, а какая же программа, в этом случае "не любительская"? ChemCraft? Так они мало чем отличаются!
Елизавета
22 ноября 2019 г. 22:03
avogadro программа очень хорошо работает и рассматривается как инструмент визуализации химии и биохимии. Она имеет много функций, как правило, найденных в профессиональных инструментах. Это может привести к неправильному позиционированию этого приложения как профессионального. Единственный недостаток, как раз в этом, на мой взгляд. Считайте эту программу любительской, и вы найдете ее отличной альтернативой.